C端配列分析
タンパク質は、複数のアミノ酸が脱水縮合して配列を形成し、遊離アミノ基（N末端）と遊離カルボキシル基（C末端）を含んでいます。C末端はN末端と同様に、タンパク質の分子構造解析において重要な位置を占めており、タンパク質の完全な一次構造の不可欠な情報です。C末端の配列測定は重要な意味を持ちます。
北京百泰派克生物科技有限公司は、CNAS/ISO9001の二重品質認証体系に基づき、ペプチドマップ分析（質量分析法）の原理に基づいて、異なる種類の生物製品に対するタンパク質C末端配列分析サービスを確立し、タンパク質、抗体、ワクチン、ペプチド、再組み換えコラーゲンなどの生物製品のC末端配列の測定を実現できます。
技術原理
現在、Edman分解のようなC末端配列測定技術は開発されていないため、タンパク質C末端配列の確認サービスは依然として質量分析プラットフォームに基づいています。ターゲットタンパク質の理論配列情報に基づいて補完性の良い2種類のタンパク質酵素を選択してタンパク質を酵素切断し、異なる長さのイオン化に適したC末端ペプチドを生成し、質量分析によって相互に検証し、最終的にタンパク質のC末端配列を確定します。
一般的なタンパク質酵素の切断条件と部位：
実験装置
• ナノスケール高効率液体クロマトグラフィー：Easy-nLC 1200；
• 組み合わせ型四重極-Orbitrap質量分析計：Q Exactive™ Hybrid Quadrupole-Orbitrap™ Mass Spectrometer。
ケース例示
サンプルタンパク質は適切なタンパク質酵素によって切断され、長さが主に6-28aaのペプチドになり、質量分析に入った後に生成される総イオン流スペクトルは以下の通りです：
サンプル総イオン流スペクトル（TIC）
（横軸は時間（分）、縦軸は相対信号強度）
一次質量スペクトルによって完全なペプチドの分子量を得ることができます、mass=(m/z-1)*z
C末端ペプチド一次質量スペクトル
（横軸は検出されたm/z値、縦軸は相対信号強度）
二次質量スペクトルによってペプチドの断片イオンm/z値を得ることができます。完全なペプチドは質量分析においてペプチド結合部位から断片イオンに分解され、ペプチドのN末端に近いものがbイオン、C末端に近いものがyイオンです（例：二次スペクトル中のペプチドKTSTSPLVKSF、 二次分裂後、断片イオンKとTSTSPLVKSFはそれぞれb1とy10イオン、断片イオンKTとSTSPLVKSFはそれぞれb2とy9イオン）。理論的な断片イオンm/zと実際の二次スペクトルにおける検出値の一致が多いほど信頼性が高くなります。ペプチド二次分裂断片情報によってC末端ペプチド配列を確定します。
ペプチド二次質量スペクトル
（横軸は検出されたm/z値、縦軸は相対信号強度）
実際のプロジェクトでは、ターゲットタンパク質を酵素切断するために少なくとも2種類の補完的なタンパク質酵素を使用し、異なる長さのC末端ペプチドを得ることができます。これらのC末端ペプチド配列の相互検証によって、最終的にタンパク質のC末端配列情報を確定します。
一般的な典型的な問題
問題1：タンパク質が酵素切断された後、固定された部位で分裂しますが、C末端のペプチドがタンパク質のC末端であることをどのように確認しますか？
回答：データ分析では、N末端が酵素切断部位であり、C末端が酵素切断部位ではないペプチドを選択し、ペプチドが酵素切断によって形成されたものであり、ランダムな不純物ペプチドではないことを保証します。同時に、ペプチドの末端と比較末端が一致していることを確認します。
問題2：分析結果にC末端が酵素切断部位であるペプチドしかない場合、C末端の具体的な位置をどのように確認しますか？
回答：この結果は通常、2つの状況によって引き起こされます。第一の状況は、タンパク質のC末端がちょうど酵素切断部位である場合です。この場合、異なる酵素切断を同時に分析することで排除できます。第二の状況は、タンパク質のC末端がその酵素切断部位に非常に近いか、または非常に遠い場合です。酵素切断後に残る断片が短すぎるか長すぎるため、断片化の状態が悪く、分析ソフトウェアによって認識されないことがあります。この場合、各シーケンスが前のシーケンスよりも1つ多くのアミノ酸を持つグラデーションデータベースを構築し、グラデーションデータベースを使用して再度照合分析を行います。
関連サービス
How to order?
