モノクローナル抗体のデ novoシーケンシング

モノクローナル抗体分子は、薬物開発や診断試薬の開発において重要な役割を果たしています。抗体分子自体の一次構造、特にそのCDR領域のアミノ酸配列はその生物学的機能を発揮する核心であり、その完全な配列を正確かつ迅速に分析することは非常に重要です。例えば、市場に出回っている抗体製品を直接に配列分析することは抗体薬、抗体診断試薬、およびその他の抗体製品を開発する近道です。多くの市販されている抗体は薬物標的に対して中和活性を持っており、モノクローナル抗体の配列を測定することで、その抗体の一次構造を得ることができ、これを基にして抗体の親和性向上やヒト化を行い抗体薬を開発することができます。抗体バイオシミラーの開発において、オリジナル製剤の正確な一次構造情報は抗体バイオシミラー開発の基礎と前提です。
バイタイパック社は、先進的な高分解能質量分析計Obitrap Fusion Lumosを基に、豊富なバイオインフォマティクス分析経験を組み合わせ、全く新しい世代の抗体シーケンシングプラットフォームを確立し、抗体一次構造の迅速かつ正確な分析を実現しました。このプラットフォームは異なるサブタイプの抗体（例えばIgGとIgM）や異なるタイプの抗体（蛍光標識抗体、固定化抗体、異なる種の抗体）の配列分析に適用されます。

モノクローナル抗体のデノボシーケンシングサービスのプロセス

モノクローナル抗体のデノボシーケンシングサービスの利点：

1. モノクローナル抗体軽鎖および重鎖ペプチド全配列カバー
抗体配列を測定する過程で、バイタイパックは5種類の異なるプロテアーゼを選択して酵素切断を行い、異なる酵素切断ペプチド間の相補性を利用して抗体分子軽鎖および重鎖の100%全配列を結合します。また、抗体の核心領域であるCDR配列においては、配列分析の過程で少なくとも10回識別されることが要求され、これによりシーケンシング結果の正確性を十分に保証します（下図参照）。

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2. 先進的なデータ処理アルゴリズム
バイタイパックは、Nature Biotechnologyに掲載された文献やプロテオミクス専門誌JPRの文献を基に、専門的な抗体配列分析ソフトウェアPEAKS Mass Spectrometry Softwareを組み合わせ、独自の質量分析原データ計算方法を開発しました。幅広く狭く出る原則を採用し、有効なデータ情報を見逃すことなく抗体配列の正確な識別を実現しました。

3. 高精度と正確性
バイタイパックは、現在の分解能と高感度のOrbitrap Fusion Lumos質量分析計を使用してシーケンシングを行います。旧世代の質量分析計（例えばObitrap Elite、Q Exactiveなど）と比較して、Lumosは一次および二次質量スペクトルスキャン速度を向上させる一方でペプチド分子量の正確性を保証します。一次質量スペクトルスキャン速度の向上により、同じペプチドがより多くの回数識別されることを可能にし、結果の信頼性を高めます。二次質量スペクトルスキャン速度の向上により、より良い断片破壊が行われ（下図参照）、結果の正確性を保証し、二次破壊断片の特徴ピークを通じてロイシンとイソロイシンの正確な判定を実現します。

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4. 多様なサブタイプおよび異なるタイプの抗体のシーケンシングが可能
私たちが構築した技術プラットフォームは、小さな基団（FITC、ビオチン、Alexaなど）の影響を受けず、より大きなタンパク質基団がシーケンシングに困難をもたらすことがありますが、より高濃度のタンパク質を提供すれば成功することができます。

5. 厳格な配列予測と厳密な配列検証
私たちはシーケンシングの結果をまず配列予測を行い、抗体のCDR領域を示します（下図参照）。同時に、測定した配列を基に新しいデータベースを構築し、シーケンス確認のモードを採用して収集した質量分析データを再度分析します。完全に一致する結果のみをお客様に提供します。

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中/英語プロジェクトレポート

技術レポートでは、バイタイパックバイオテクノロジーは詳細な中英二言語版技術レポートを提供します。レポートには以下が含まれます：

1. 実験手順（中英）
2. 関連する質量分析パラメータ（中英）
3. 質量分析画像
4. 原データ
5. ペプチド配列情報
6. 抗体配列情報