ペプチドシーケンシング
すでに同定・識別された天然ペプチドは数千種類に上り、これらは人間の生理過程において、ホルモン、神経伝達物質、成長因子、イオンチャネルリガンド、抗感染剤などとして重要な役割を果たしています。ペプチド系薬物は高い選択性と有効性を持つと考えられており、比較的安全で耐性が良好です。そのため、ペプチド系薬物に対する研究開発（R&D）の関心が高まっており、数百種類のペプチド系薬物が臨床試験で評価されています。
ペプチドとタンパク質は、人体の基本構成要素であるアミノ酸から構成され、ペプチド結合によって結びついています。両者の違いは、ペプチドがタンパク質よりも小さいアミノ酸鎖から構成されている点です。ペプチドは、2つ以上のアミノ酸を含み、オリゴペプチドとポリペプチドに細分化されます。オリゴペプチドは少数のアミノ酸（約2～20個）を含み、ポリペプチドはより多くのアミノ酸を含みます。この定義は時には厳密ではない場合があります。タンパク質は1つまたは複数のペプチドが結びついて形成されるため、本質的に非常に大きなペプチドです。一般的に、アミノ酸の数によってペプチドとタンパク質を区別し、ペプチドは2～50個のアミノ酸から構成され、タンパク質は50個以上のアミノ酸から構成されます。ペプチド系薬物研究には、新しいペプチドの発見、よりターゲットを絞ったペプチドライブラリーおよび配列最適化設計、新しい製剤の開発、多機能ペプチドおよび複合体の開発など、巨大的な潜力があります。これを実現するためには、ペプチドの同定と配列解析が研究を進める第一歩となります。
ペプチド配列決定の概念図
質量分析に基づくペプチド配列解析
ペプチドの配列決定には、データベース検索とde novo（デノボ）シーケンス法の2つの方法が一般的です。短いペプチド断片、例えば30個以下のアミノ酸の場合、BaiTai派克生物科技は二次フラグメンテーションを直接行い、質量分析の生データを取得してペプチド配列を推定し、データベース検索またはデノボシーケンスにより理論的な配列を得ることができます。より長いペプチド断片（>30個のアミノ酸）に対しては、BaiTai派克生物科技は3種類のプロテアーゼを用いてターゲットペプチド断片を酵素切断と同定し、フラグメントペプチド断片を得ると同時に、ペプチド断片間の連結を行い、ペプチド配列を100%決定します。この方法で、一部のペプチド断片混合物も配列解析が可能です。
百泰派克生物科技は、Thermo社最新のObitrap Fusion Lumos質量分析計とNano-LCナノクロマトグラフィー技術を組み合わせ、質量分析に基づくペプチド配列解析サービスおよびペプチドde novo（デノボ）シーケンスサービスを提供し、ペプチド配列を解析します。百泰派克生物科技は、Thermo社最新のObitrap Fusion Lumos質量分析計を使用してペプチドサンプルの配列解析を実現しています。Obitrap Fusion Lumos質量分析計は現在、分解能と感度が最も高い質量分析計であり、低濃度ペプチドフラグメントの同定の感度を保証します。ペプチドフラグメントの分解過程では、HCDとETDの組み合わせモードを採用し、ペプチドフラグメントの完全性を保証します。質量分析の生データを取得した後、30個以下のアミノ酸のペプチド断片にはデータベースまたはde novo（デノボ）シーケンスの方法で解析します。30個以上のアミノ酸のペプチド断片には一般的にde novo（デノボ）シーケンスの方法でペプチド配列を推定します。
サンプル調製の推奨事項：
• 可能な限り100ugのサンプルを準備する：<30 aaのサンプルは少なくとも10-25ugのサンプルを準備し、>30 aaのサンプルは少なくとも>50ugの純化されたサンプルを準備するようにします。
• 分子生物学レベルの試薬ではなく、可能な限り純度の高い試薬を使用します。
• できるだけ小さな遠心管を使用します。
• 汚染物を避けるか、溶液中でタンパク質を濃縮します。
**百泰派克生物科技の技術者に相談し、サンプル調製を具体的に行うことができます。
百泰派克生物科技は、液体および固体状態のサンプルからペプチド配列解析を行うことができます。固体サンプルは氷袋で輸送可能です。溶液サンプルは真空乾燥または冷凍乾燥後に氷袋で輸送することができます。また、ドライアイスでサンプルを輸送することも可能です。お気軽にお問い合わせください。
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