差異表現タンパク質のクラスタリング分析

選択された差異発現タンパク質または特徴的差異発現タンパク質の合理性と正確性を検証するために、発現量の傾向に基づいてタンパク質をクラスタリングすることで、より直感的なプロテオミクスデータ分析を実現できます。


1. 階層的クラスタリング分析

選別された差異発現タンパク質に対して階層的クラスタリング分析を行い、同じまたは類似の発現パターンを持つタンパク質をクラスタリングします。差異発現タンパク質のクラスタリング結果は以下の図のようになります：

図1 差異発現タンパク質の階層的クラスタリング図

注：図中の異なる列は異なるサンプルを表し、異なる行は異なるタンパク質を表します。色はサンプル内のタンパク質の発現量レベルを示しています。

2. K-meansクラスタリング分析

異なる実験処理下でのタンパク質の発現パターンを研究するために、サンプルの発現量に対してK-meansクラスタリング分析を行います。同じクラスタに属するタンパク質は、異なる実験処理下で類似の変化傾向を示します。類似の変化傾向を持つタンパク質はしばしば類似の機能を持っています：

図2 差異発現タンパク質のクラスタリング折れ線グラフ

注：x軸はサンプルのグループ分けを示し、y軸は発現量を示します。黒い線はこのクラスタ内のすべてのタンパク質が異なる実験条件下での相対発現量の平均値を示す折れ線グラフです。