タンパク質相互作用ネットワーク分析

STRINGは、複数の種における予測されたおよび実験で検証されたタンパク質-タンパク質相互作用のデータベースで、直接的な物理的相互作用や間接的な機能的関連を含んでいます。差異発現解析の結果とデータベースに収録された相互作用関係を組み合わせて、差異発現タンパク質相互作用ネットワークを構築します。分析の過程で、差異発現タンパク質をSTRINGデータベースにマッピングし、差異タンパク質の相互作用関係情報を取得します。STRINGデータベースには、実験データ、PubMedの要約からのテキストマイニング結果、および他のデータベースからの統合データの他に、バイオインフォマティクス手法で予測された結果も含まれているため、検索結果から総合スコアが0.4（中程度）以上のタンパク質相互作用ペアを選択し、適切なバイオインフォマティクス解析ソフトウェアを使用して相互作用結果を可視化します。結果は図の通りです。

図1 差異発現タンパク質相互作用情報の異なる出典の証拠（Evidence）

差異発現タンパク質相互作用情報の異なる出典の証拠（Evidence）2

図2 差異発現タンパク質相互作用強度情報図（Confidence）

注: 円（ノード）はタンパク質を表し、異なる色は異なるタンパク質を示します。円の中にはタンパク質の三次元構造があります。直線はタンパク質間の相互作用関係を示します。線が太いほど、両者の相互作用関係が強いことを示します。暗い色の線は、evidence viewの円の中に関係があるが、actions図には関係がないことを示します。

図3 差異発現タンパク質間の異なる作用モード（Actions）

差異発現タンパク質間の異なる作用モード（Actions）2