一般的な転写群シーケンシングのサンプル品質検査で一部のサンプルが不合格になった場合、これらのサンプルを再送することは可能ですか？以前の合格サンプルと一緒に分析することはできますか？

通常のトランスクリプトームシーケンシングにおいて、品質管理に不合格となったサンプルがある場合、これらのサンプルを個別に補送することが完全に可能です。補送されたサンプルは技術的なプロセスとデータ解析において、以前の合格サンプルと統合して解析できますが、データ品質の一貫性を保証するために以下の点に注意する必要があります。

 

一、実験レベルでの推奨事項

1、補送サンプルのRNA抽出と精製プロセス

（1）サンプル間のバッチ差を避けるため、初回送信時と一致した抽出方法と試薬（例えばTRIzol、カラム法など）を必ず使用してください。

（2）RNAの完全性（RIN値）と純度指標（A260/280、A260/230）はライブラリ構築基準を満たす必要があります。

2、ライブラリ構築とシーケンシングの手配

（1）補送サンプルと初回合格サンプルは同じライブラリ構築試薬キットとシーケンシングプラットフォーム（例えばIllumina PE150）を使用することを推奨します。

（2）時間の間隔が短い場合、プラットフォームは通常同じバッチの試薬を使用してライブラリを構築し、同じ機械で運転することができ、バッチ効果を低減します。

 

二、データ解析レベルでの推奨事項

1、統合解析の可能性

（1）シーケンシングプラットフォームと戦略が一貫している限り、同一バッチとして共同解析が可能です（例えばDESeq2、edgeRによる差異表現解析）。

（2）補送サンプルのFastQファイルは、元のサンプルと直接統合してアラインメント、定量化、標準化処理を行うことができます。

 

2、不可避なライブラリ構築または機械運転批次差が存在する場合、解析においてバッチ効果補正戦略を導入する必要があります。

（1）ComBat（svaパッケージ）、removeBatchEffect（limmaパッケージ）の使用。

（2）または差異解析モデルに「バッチ」因子を明示的に追加する。

 

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