ペプチドのアミノ酸配列に基づいて、アミノ酸組成特性、ジペプチド組成特性、および擬似アミノ酸組成特性をどのように計算しますか？

1. アミノ酸組成（Amino Acid Composition, AAC）

1. 原理

配列中の20種類の標準アミノ酸の相対頻度を統計する。

 

2. 計算式

 

図1

 

2. ジペプチド組成（Dipeptide Composition, DPC）

1. 原理

すべての400種類の可能なジペプチド（AA、AC、...、YY）の頻度を統計し、アミノ酸の局所的な順序情報を捉える。

 

2. 計算式

 

図2

 

3. 擬アミノ酸組成（Pseudo Amino Acid Composition, PseAAC）

1. 原理

AACに基づいてアミノ酸の理化学的性質（疎水性、極性、側鎖の質量など）と配列順序に関連する情報を導入し、機械学習モデルに多く使用される。

 

2. 基本形式（Type I）

 

図3

 

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