質量分析によるペプチド配列同定が完了した後、結果を受け取ったら次にどのように分析すればよいですか？

質量分析でペプチド配列の同定結果を取得した後、次のステップの分析は研究目的（定性、定量、機能研究）に応じて段階的に行う必要があります。一般的なプロセスは以下の通りです。

 

一、結果の品質管理とフィルタリング

• データベース検索結果のスコア指標（Peptide/Protein FDR、Score、Unique peptide数）を確認します。

• 低信頼度のタンパク質や1つのペプチドのみで支持される結果を除去し、データの信頼性を確保します。

 

二、タンパク質の定性と定量の整理

• 同定のみの場合、同定されたタンパク質のリスト、UniProt ID、被覆率などを整理します。

• 定量に関わる場合（Label-free、TMTなど）、各サンプルのタンパク質量のマトリックスを集計し、正規化と欠損値の処理を行います。

 

三、差異分析（グループ比較がある場合）

• 統計的検定（t検定、ANOVAなど）を用いて差異タンパク質を選別します。

• 通常、Fold Changeと有意性の閾値（例えばFC≥1.5または2、p<0.05）を設定する必要があります。

 

四、機能注釈と経路の富化

• データベース（GO、KEGG、Reactome）を使用して機能分類を行います。

• 富化分析を通じて差異タンパク質の生物学的意義を評価します。

 

五、さらなるデータ発掘

• タンパク質相互作用ネットワーク（STRING、Cytoscape）；

• トランスクリプトーム、メタボロームデータと統合して、調節メカニズムを探ります。

 

百泰派克生物科技--生物製品の特性評価、多グループ生物質量分析の高品質サービスプロバイダー

 

関連サービス：

プロテオミクス分析