【サンプル送付ガイド】バイタピックプロテオミクス、メタボロミクスのサンプル量とサンプル採取および輸送要件

2.1. 通常のプロテオミクス（Label Free/DIA/TMT）

 

 

2.2. 修飾プロテオミクス

 

 

2.3. 微量プロテオミクス

 

 

特殊プロテオミクス

3.1. 化学プロテオミクス（薬物標的）

 

 

3.2. マクロプロテオミクス

 

 

3.3. エクソソームプロテオミクス

 

 

ペプチドオミクス

 

 

メタボロミクス

5.1. 非ターゲティングメタボロミクス

 

 

5.2. ターゲティングメタボロミクス

 

 

サンプル収集ガイドライン

1. サンプル採取＆輸送の要求

（1）採取および輸送中は要求される温度で厳密に保存。同じサンプルで複数のオミクスを行う場合、採取時点で分割することを推奨し、反復凍結融解を避ける。

（2）サンプル採取過程で使用する水は超純水、有機試薬は色譜純度以上を推奨。

（3）サンプル採取で使用するチューブは高品質材料を使用し、サンプルを充填した後は十分な封口膜でしっかりと巻き、サンプルの漏洩や不純物の混入を防ぐ（推奨ブランド：Eppendorf、Axygen、Corningなど）。

（4）一部の機器やソフトウェアは中国語や特殊文字を認識しないため、サンプル名はできるだけ英語を使用し、必要な文字は「_」を使用する。

（5）サンプル表示は油性マーカーで表示し、できるだけ複数箇所に表示し、衝撃吸収材で包み、低温輸送中の破損を避ける。

（6）サンプル輸送には二重泡ボックスを使用し、十分なドライアイスを追加する。夏季には5kg/日、冬季には4kg/日、配送時間に応じてドライアイスを準備する。

 

動物組織サンプル

2.1. 通常の動物組織（脳、心臓、肝臓、脾臓、腎臓、肺など）

（1）必要な組織を正確に切り取り、脂肪や結合組織など研究に不要な組織を迅速に除去し、組織を20-50mgの小片（約大豆サイズ）に分割する。

（2）生理食塩水またはPBSで迅速に洗浄し、血液や汚れを除去する。

（3）ピンセットでサンプルをつまんで、事前に表示されたチューブに移し、液体窒素で10分間速凍し、-80℃で保存する。

（4）ドライアイスで配送し、反復凍結融解を避ける。

注：腫瘍組織は病理条件に応じて切り分け、がん周辺組織は病巣から2cm以上離す。

 

2.2. 硬い動物組織（骨、軟骨など）

（1）PBSで洗浄し、軟骨を手術刀で約1cmの小片に切り分ける。³

（2）表示されたチューブに移し、液体窒素で10分間速凍し、-80℃で保存する。

（3）ドライアイスで配送し、反復凍結融解を避ける。

 

2.3. 硬い動物組織（毛髪）

（1）適量の2% SDS、50mMリン酸ナトリウム（pH7.8）バッファ溶液でサンプルを洗浄し、汚染物を除去する。

（2）サンプルを乾燥させ、表示されたチューブに移し、-80℃で保存する。

（3）ドライアイスで配送し、反復凍結融解を避ける。

 

軟体動物（吸血虫、旋毛虫など）

（1）サンプルを収集し、冷却したPBSで宿主の汚染物を除去する。

（2）表示されたチューブに移し、液体窒素で10分間速凍し、-80℃で保存する。

（3）ドライアイスで配送し、反復凍結融解を避ける。

 

植物組織サンプル

3.1. 通常の植物組織（葉、花、果実、種子、樹根、樹皮などおよびシダ類など）

（1）特定の部位の組織を取り、目標外の組織を除去し、埃や明らかな不純物を洗い流し、無塵紙で乾かす。

（2）アルミホイルで包むか、チューブに入れ、表示を行った後、液体窒素で10分間速凍し、-80℃で保存する。

（3）ドライアイスで配送し、反復凍結融解を避ける。

 

花粉

（1）植物の開花期に花粉を収集し、解剖顕微鏡で花粉を確認し、解剖針で葯片などの不純物を除去し、EPチューブに移す。

（2）光学顕微鏡で花粉の形態と純度を確認し、-80℃で保存する。

（3）ドライアイスで配送し、反復凍結融解を避ける。

 

藻類

（1）異なる藻類に応じて適切な遠心力を使用し、藻類を分離しつつ細胞の完全性を保証し、PBSで2-3回洗浄し、液体窒素で10分間速凍し、-80℃で保存する。

（2）ドライアイスで配送し、反復凍結融解を避ける。

 

細胞サンプル

4.1. 浮遊細胞

（1）1000 gで10分間遠心し、浮遊細胞を収集し、培養上清を捨てる。

（2）冷却したPBS溶液で2-3回洗浄し、遠心して上清を捨て、細胞沈殿を1.5mLのチューブに収集する。

（3）液体窒素で10分間速凍し、-80℃で保存する。

（4）ドライアイスで配送し、反復凍結融解を避ける。

 

4.2. 接着細胞

（1）培養基を捨て、培養皿を吸水紙に逆さまにして液体を取り除く。

（2）4℃に冷却したPBSを追加し、平置きして軽く揺すり1分間洗浄し、PBSを捨てる。この操作を2回繰り返し、培養液を除去する。

（3）培養皿を氷上に置き、トリプシンで消化した後、冷却したPBSを追加して細胞を再懸濁する。

（4）細胞懸濁液を15mLのチューブに収集し、4℃、1000 gで10分間遠心し、PBSを捨てる。

（5）1mLのPBSで細胞を再懸濁し、新しい1.5mLのチューブに移し、遠心してPBSを捨て、細胞沈殿を保持し、液体窒素で10分間速凍し、-80℃で保存する。

（6）ドライアイスで配送し、反復凍結融解を避ける。

 

液体サンプル

血清

（1）真空採血管で血液を収集（抗凝固剤なし、赤蓋推奨）または全血を清潔なチューブに収集する。

（2）軽く上下に8-10回混ぜて4℃で30分間静置する。

（3）4℃、1000 gで10分間遠心する。

（4）移液器で上層の淡黄色の血清をチューブに移し、混合し、瞬時に遠心する。

（5）実験の要求に応じて100-200μL/管に分装し、液体窒素で10分間速凍し、-80℃で保存する。

（6）ドライアイスで配送し、反復凍結融解を避ける。

 

血漿

（1）真空採血管で血液を収集（抗凝固剤含む、紫蓋推奨、EDTA抗凝固剤含む）または抗凝固剤を含むチューブに全血を収集する。

（2）軽く上下に8-10回混ぜる。

（3）4℃、1000 gで10分間遠心する。

（4）移液器で上層の淡黄色の血漿をチューブに移し、混合し、瞬時に遠心する。

（5）実験の要求に応じて100-200μL/管に分装し、液体窒素で10分間速凍し、-80℃で保存する。

（6）ドライアイスで配送し、反復凍結融解を避ける。

注：血清/血漿サンプル採取時は動作を優しくし、溶血を避ける。サンプルの色は澄んだ透き通った黄色であり、ピンクや赤が見られる場合、溶血汚染があることを示しており、後続の結果に影響を与える可能性がある。

 

尿サンプル

（1）被験者の朝一番の中段尿を採取し、4℃で一時保存（8時間を超えない）、細菌汚染を避け、収集前に飲食を制限する。

（2）4℃、1000 gで15分間遠心し、細胞や細胞片を除去する。

（3）上清を新しいチューブに移し、1mL/管に分装し、液体窒素で10分間速凍し、-80℃で保存する。

（4）ドライアイスで配送し、反復凍結融解を避ける。

 

乳汁、腹水

（1）臨床採取方法に従って、乳汁、腹水サンプルをチューブに収集する。

（2）実験の要求に応じて1mL/管に分装し、液体窒素で10分間速凍し、-80℃で保存する。

（3）ドライアイスで配送し、反復凍結融解を避ける。

 

脳脊髄液、リンパ液、関節液、穿刺液

（1）臨床採取方法に従って、サンプルをチューブに収集する。

（2）4℃、1000g~2000 gで5分間遠心する。

（3）上清を0.22μmフィルター（オプション）でろ過し、透過液を収集する。

（4）実験の要求に応じて100μL/管に分装し、液体窒素で10分間速凍し、-80℃で保存する。

 

唾液サンプル

（1）2時間以上絶食し、9-12 a.m. の時間帯にサンプルを採取する；

（2）4℃で、1000g~2000gで5分間遠心分離する；

（3）上清を取り、0.22μmフィルター（オプション）で濾過し、透過液を収集する；

（4）実験のニーズに応じて100-200μL/チューブに分注し、液体窒素で10分間急速冷凍し、-80℃で保存する；

（5）ドライアイスで送付し、凍結と解凍を繰り返さないようにする。

 

5.7. 涙液サンプル

（1）キャピラリーマイクロピペットを使用してサンプルを収集し、4℃で8000-14000gで5分間遠心分離する；

（2）上清を遠心管に移し、液体窒素で10分間急速冷凍し、-80℃で保存する；

（3）ドライアイスで送付し、凍結と解凍を繰り返さないようにする。

 

5.8. 細胞培養上清

（1）細胞収集方法を参照し、元の培養液を除去し、細胞を収集する；

（2）無血清培養液を使用して細胞を継続して培養する。細胞は24-48時間継続して培養し、上清を収集する時間を細胞の成長速度に基づいて決定する；

（3）300g、4°Cで10分間遠心分離し、上清を15mLの遠心管に移す；

（4）4°Cで3000gで15分間遠心分離し、余分な細胞破片を除去する；

（5）上清サンプルを新しい遠心管に移し、5-10mL/チューブに分注し、液体窒素で10分間急速冷凍し、-80℃で保存する；

（6）ドライアイスで送付し、凍結と解凍を繰り返さないようにする。

注：血清を含む培養液は、後の実験で高豊度のタンパク質を導入し、識別数が大幅に減少することになります。

 

6. 微生物

（1）4℃で5000gで15分間遠心分離し、上清を捨てる；

（2）予冷したPBSで菌体沈殿を再懸濁し、再び遠心分離して上清を捨てる。これを3回繰り返す；

（3）菌体沈殿を新しい遠心管に収集し、実験のニーズに応じて50-100μL/チューブに分注し、液体窒素で10分間急速冷凍し、-80℃で保存する；

（4）ドライアイスで送付し、凍結と解凍を繰り返さないようにする。

 

7. 糞便、腸内内容物

7.1. 糞便

（1）糞便を排出した後、サンプリングスプーンを使用して中間部分を採取し、ラベル付きの遠心管に移す；

（2）実験のニーズに応じてサンプルを分注し、各チューブには100~500mgを分注し、液体窒素で10分間急速冷凍し、-80℃で保存する；

（3）ドライアイスで送付し、凍結と解凍を繰り返さないようにする。

 

7.2. 腸内内容物

（1）腸全体を取り出し、目的の領域の腸を切り取り、腸を縦に切開して腸内内容物を露出させる；

（2）無菌サンプラーを使用して腸内内容物をラベル付きの遠心管に収集する（可能な限り腸の奥から取得するが、腸表面組織や血液などの不純物を避ける）；

（3）実験のニーズに応じてサンプルを分注し、各チューブには100~500mgを分注し、液体窒素で10分間急速冷凍し、-80℃で保存する；

（4）ドライアイスで送付し、凍結と解凍を繰り返さないようにする。

 

8. 環境サンプル

8.1. 土壌

（1）地下5~20cmの土層を掘り、目に見える不純物を取り除く；

（2）土壌を2mmのふるいにかけ、5-10g/チューブに分注して新しい遠心管に入れ、液体窒素で10分間急速冷凍し、-80℃で保存する；

（3）ドライアイスで送付し、凍結と解凍を繰り返さないようにする。

 

8.2. 水体

（1）必要な水体サンプルを採取し、24時間静置して、泥などの大きな粒子を取り除く；

（2）上清を0.22μm/0.45μmフィルターで濾過し、フィルターを保持し、-80℃で凍結保存する；

（3）ドライアイスで送付し、凍結と解凍を繰り返さないようにする。

注：

①0.45μmのフィルターは真菌および直径がそれ以上の微生物をキャッチし、0.22μmのフィルターは細菌および直径がそれ以上の微生物をキャッチします。研究目的に応じて適切なフィルターを選択してください；

②フィルターは冷凍すると脆くなりやすいので、サンプル収集後は迅速に実験を進めることをお勧めします。

 

9. 発酵物残渣（大曲、酒粕、作物など）

（1）サンプルを収集し、2-5g/チューブに分注して遠心管に入れ、-80℃で保存する；

（2）ドライアイスで送付し、凍結と解凍を繰り返さないようにする。