SILAC/Dimethylに基づく定量的プロテオーム分析

SILACは、細胞培養条件下での安定同位体標識技術（Stable Isotope Labeling By Amino Acids In Cell Culture, SILAC）の略です。SILAC実験の手順は、細胞培養基に軽量、中量、または重量の安定同位体標識された必須アミノ酸リジン（Lys）およびアルギニン（Arg）を加え、細胞の成長過程で新しく合成されたタンパク質が安定同位体タグを持つようにします。各タイプのタンパク質を等量混合し、酵素分解後に質量分析を行います。一次スペクトル図中で標識なし/同位体標識スペクトルピークの面積を比較して相対定量を行い、二次スペクトル図でペプチドの配列を決定し、タンパク質を同定します。SILACに類似して、ジメチル（Dimethyl）標識も同位体タンパク質標識の方法です。ジメチルは小分子の同位体化学標識剤で、化学的に細胞溶解後のタンパク質またはペプチドのN末端またはリジンのε-アミノ基を標識し、タンパク質/ペプチドに異なるジメチルタグを付けます。標識方法の違いを除けば、SILAC/Dimethylの質量分析方法は基本的に一致しており、分析精度と広さも近く、定量プロテオミクス分析研究でますます広く使用されています。

バイタイパークはThermo FisherのQ ExactiveHF質量分析プラットフォーム、Orbitrap Fusion質量分析プラットフォーム、Orbitrap Fusion Lumos質量分析プラットフォームをNano-LCと組み合わせて、SILAC/Dimethylに基づく定量プロテオミクス分析サービスパッケージを提供しています。お客様は実験の目的をお知らせいただき、細胞をお送りいただくだけで、細胞培養、細胞標識、タンパク質抽出、タンパク質消化、ペプチド分離、質量分析、質量分析の生データ解析、バイオインフォマティクス解析など、プロジェクトの後続すべてを担当いたします。

SILAC定量プロテオミクス実験手順

SILAC定量プロテオミクス実験手順

サンプルについて

1. ドライアイスを使って凍結保存された細胞をお送りいただくだけで構いません。同時に、細胞が5回以上継代培養できることを保証してください。
2. ご自身で細胞を標識し、細胞の刺激などの処理を完了する必要がある場合は、標識と処理を完了した細胞サンプルまたはタンパク質サンプルをドライアイスでお送りください。各サンプルには50-100μgのタンパク質を含む必要があります。

SilacとDimethyl標識法の比較

SIALCとDimethyl標識法の比較

SIALCとDimethyl標識法の比較2

総じて言えば、SILACの再現性はDimethylよりもやや高いです。これは、異なるSILACサンプルがタンパク質消化前にすでに混合されているためであり、Dimethylは消化後のペプチド断片を標識するため、システムの安定性により影響を受けやすく、SILACよりも再現性がやや劣ります。しかし、Dimethylは質の高い安価な標識手段として、ますます広く使われています。

中/英語プロジェクトレポート

技術レポートでは、バイタイパークがお客様に詳細な中英二言語版の技術レポートを提供します。このレポートには以下が含まれます：

1. 実験手順（中英語）
2. 関連する質量分析のパラメータ（中英語）
3. 質量分析の画像
4. 生データ
5. タンパク質差異レベルの分析
6. バイオインフォマティクス分析

SILAC/Dimethyl定量プロテオミクスワンストップサービス

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